В городе Нью-Йорке, где полно опасностей и можно встретить много злодеев, проживают черепашки мутанты ниндзя, которые всегда готовы сразиться со злом. Они молодые и энергичные и их оптимизму можно только позавидовать. В самом юном возрасте их приютил опытный и мудрый мастер Сплинтер, который учит все время чему-то новому. Наставления он дает с одной целью, чтобы после схватки со злодеями, его подопечные остались в живых. Изо дня в день учитель, которым является крыса-мутант, настраивает своих учеников на энтузиазм и борьбу со злом. А команда юных друзей бывает легкомысленной и совершает необдуманные поступки.
Но Сплинтер не раз выручал своих учеников. Злодей Шредер, не снимающий железную маску и межгалактический мозг Крейг, являются противниками черепашек, они готовы вновь нанести удар по благополучию жителей города. Ученики Сплинтера всегда готовы вылезти из своего укрытия на поверхность, чтобы прекратить происходящие вокруг безобразия. У каждого из черепашек своя техника владения оружием и свой стиль ведения рукопашного боя. Но кроме борьбы со злом черепашки любят и умеют развлекаться, а еще они обожают пиццу, которую уплетают в огромном количестве.