Исход битвы с жестоким Шредером повлиял на отношения между черепашками-ниндзя. Победа вместо того, чтобы сплотить братьев, уверила их в необходимости разъехаться и заняться собственной жизнью. Каждый хотел доказать, что имеет право называться лучшим. Старший – Леонардо уехал в джунгли. Здесь он может узнавать новые обычаи, тренироваться и усовершенствовать свои навыки первоклассного бойца. Донателло и Микеланджело решили не расставаться и вместе работают на детских утренниках. Они единственные, кто боится, что семейные узы окажутся под угрозой.
Но Рафаэль тайком ото всех продолжает спасать мирное население от преступников, темной ночью патрулируя улицы города. В джунглях Леонардо встречает Эйприл, которая рассказывает другу об опасности, возникшей в его родном городе. Она переквалифицировалась в археолога. Ее начальник готовится выпустить древних монстров, готовых уничтожить всех на своем пути. Лео понимает, что пора возвращаться. Учитель черепашек-ниндзя Сплинтер рад воссоединению семьи. Он пытается помирить учеников. Мудрая крыса знает, что храбрые бойцы не смогут смолчать, когда жизнь людей окажется под угрозой. И теперь черепашкам-ниндзя предстоит вновь доказать свою силу.