Было время, когда известная компания героев мутантов нисколько не отличалась от других черепах. Но после того, как произошла процедура мутации, черепашки выросли до размеров людей. Обрести им способности вести бой помог учитель – крыса по имени Сплинтер. Вместе компания героев приняла решение противостоять злу Нью-Йорка, становясь на защиту невинных людей. А врагов у Нью-Йорка немало. Сплинтер приложил действительно много сил и времени для обучения черепашек. Благодаря ним они смогли освоить основы самозащиты, постигли правильность мышления.
Можно, без сомнения, назвать эту команду идеальными бойцами, а потому без труда могут противостоять злу в любых его проявлениях. На этот раз черепашкам-ниндзя нужно будет противостоять Шредеру, который известен, как самый опасный преступник в округе. Во время транспортировки его в другую тюрьму, его подельники похитили, внедряя Шредера в преступную жизнь. Только черепашки-ниндзя отлично понимают, что нужно помешать коварным планам Шредера. Конечно же, ребятам придется не просто, но они всегда могут рассчитывать на помощь верной подруги Эйприл Онил. Плюс ко всему, на этот раз к компании бравых героев присоединится Кейси Джонс.