Нью-Йоркские жители стараются не впадать в отчаяние. Они чувствуют опасность и не могут отделаться от мысли, что скоро наступит конец всему. Город нуждается в помощи, которая никак не появляется. Все уже устали надеяться на лучшее, а может, стоит смириться с неизбежным и перестать сроить планы на будущее? Жестокий человек Шреддер уже смог подчинить себе правительство и полицию. Он контролирует каждый их шаг, диктуя свои желания и требуя незамедлительного исполнения. Его армия зовется кланом Футов. Они не знают пощады. Люди могут проиграть и остаться в вечном рабстве.
Но, однажды, крышка люка подземной канализации открываются и под яркие лучи солнца выпрыгивают четыре черепашки. Они не простые медлительные пресмыкающиеся. Это мутировавшие взрослые особи, которые обладают навыками японской борьбы и могут обращаться с оружием. У каждой черепашки-ниндзя свои достоинства. Вместе они непобедимая команда спасателей. Городские жители могут оставаться спокойными, ведь Шреддер увидит новых противников. Зло должно быть побеждено, ведь черепашки со сверхъестественными способностями знают, как обезвредить клан Футов и самого Шреддера.