К программисту Томасу Андерсену, через интернет обращается незнакомец с загадочным посланием. Герой заинтересовался адресатом. Следуя рекомендациям таинственного путеводителя, сообразительный персонаж встречается с девушкой Тринити. Симпатичная особа предлагает парню побеседовать с мудрецом Морфеусом, чтобы понять суть окружающего пространства. Обстоятельства подгоняют избранника к принятию ответственного решения. Динамические процессы развиваются стремительно. Агенты непосредственного влияния хотят заставить свободную личность сотрудничать с федералами, но компьютерный гений отказывается.
Коварные враги вживляют в тело собеседника жучка, который будет фиксировать любые перемещения респондента. По собственной воле герой вступает в ряды самообороны. Члены подпольной организации борются с врагами цивилизации, захватившими реальный мир. Искусственный интеллект подменил действительность виртуальным пространством, где все благополучно. В реальности планета находится в сумраке, а люди являются питательной средой для роботов и машин. Горстка революционеров продолжает сражаться с механическими завоевателями. В глубоком подземелье храбрецы основали город Сион, пытаясь разрушить матрицу эрудицией мысли и прогресса.